具有PDB文件扩展名的文件很可能是以程序数据库格式创建的文件,用于保存有关程序或模块的调试信息,如DLL或EXE文件。它们有时被称为符号文件。
PDB文件将源代码中的各种组件和语句映射到其最终编译产品,然后调试器可以使用它来查找源文件以及可执行文件中应停止调试过程的位置。
某些PDB文件可能改为Protein Data Bank文件格式。这些PDB文件是纯文本文件,用于存储有关蛋白质结构的坐标。
其他PDB文件可能以Palm数据库或PalmDOC文件格式创建,并与PalmOS移动操作系统一起使用。此格式的某些文件使用.PRC文件扩展名。
如何打开PDB文件
不同的程序使用自己的PDB文件以某种结构化数据库格式存储数据,因此每个应用程序用于打开自己的PDB文件类型。 Geneious,Intuit Quicken,Microsoft Visual Studio和Pegasus只是可能使用PDB文件作为数据库文件的程序的几个示例。 Radare和PDBparse也可能用于打开PDB文件。
一些PDB文件以纯文本形式存储,如Geneious'Program Debug Database files,如果在文本编辑器中打开,则完全是人类可读的。您可以使用任何可以读取文本文档的程序打开此类PDB文件,例如Windows中的内置记事本程序。其他一些PDB文件查看器和编辑器包括Notepad ++和Brackets。
其他PDB数据库文件不是文本文档,仅在使用其预期的程序打开时才有用。例如,如果您的PDB文件以某种方式与Quicken相关,则尝试使用该软件查看或编辑PDB文件。 Visual Studio期望在DLL或EXE文件所在的文件夹中看到PDB文件。
您可以使用Avogadro在Windows,Linux和macOS中查看和编辑Protein Data Bank文件的PDB文件。 Jmol,RasMol,QuickPDB和USCF Chimera也可以打开PDB文件。由于这些文件是纯文本,因此您也可以在文本编辑器中打开PDB文件。
Palm Desktop应该能够打开Palm数据库文件格式的PDB文件,但您可能必须先将其重命名为具有该程序的.PRC文件扩展名才能识别它。要打开PalmDOC PDB文件,请尝试STDU Viewer。
如何转换PDB文件
程序数据库文件很可能不会转换为不同的文件格式,至少不能使用常规文件转换器工具。相反,如果有任何工具可以转换这种PDB文件,它就是可以打开它的同一个程序。
例如,如果您需要从Quicken转换PDB数据库文件,请尝试使用该程序执行此操作。但是,这种类型的转换可能不仅很少使用,而且在这些数据库应用程序中也不受支持(即,您可能不需要将此类PDB文件转换为任何其他格式)。
可以使用MeshLab将Protein Data Bank文件转换为其他格式。要做到这一点,您可能必须首先使用PyMOL将PDB文件转换为WRL 文件>将图像另存为> VRML 菜单,然后导入MeshLab中的WRL文件并使用 文件>导出网格为 菜单最终将PDB文件转换为STL或其他文件格式。
如果您不需要模型为彩色,可以使用USCF Chimera将PDB文件直接导出到STL(下载链接在上面)。否则,您可以使用与上面相同的方法(使用MeshLab)将PDB转换为使用USCF Chimera的WRL,然后使用MeshLab将WRL文件导出到STL。
要将PDB转换为PDF或EPUB,如果您有PalmDOC文件,可能有多种方法,但最简单的方法可能是使用像Zamzar这样的在线PDB转换器。您可以将PDB文件上传到该网站,以便将其转换为这些格式以及AZW3,FB2,MOBI,PML,PRC,TXT和其他电子书文件格式。
要将PDB文件转换为FASTA格式,可以使用Meiler Lab的在线PDB到FASTA转换器。
也可以使用PDBx / mmCIF在线将PDB转换为CIF(晶体信息格式)。
PDB文件的高级阅读
您可以从Microsoft,GitHub和Wintellect中阅读有关程序数据库文件的更多信息。
还有更多关于蛋白质数据库文件的知识;见全球蛋白质数据库和RCSB PDB。
你的文件还没有打开吗?
未使用上述任何工具打开的PDB文件可能实际上不是PDB文件。可能发生的是你误读了文件扩展名;某些文件格式使用的后缀非常类似于“.PDB”,当它们真的不相关且不起作用时。
例如,PDF文件是文档文件,但如果您尝试使用这些软件程序打开文本和/或图像,则上面的大多数程序都无法正确呈现文本和/或图像。具有类似拼写文件扩展名的其他文件也是如此,例如PD,PDE,PDC和PDO文件。
PBD是另一个属于EaseUS Todo Backup程序的程序,因此仅在使用该软件打开时才有用。
如果您没有PDB文件,请研究您的文件所具有的文件扩展名,以便您可以找到打开或转换它的相应程序。